早速アップデートを行い、快適に使えてます。

ご指摘の現象を修正した Transmit 4.0.4 がリリースされました。

製品ページか、アプリケーションメニューの “アップデートを確認…” よりアップデートが可能です。

この度はご迷惑をお掛けし、申し訳ございませんでした。