– アップル、「Mac OS X 10.5.6」アップデート時の問題を認める:アップルセンター – CNET Japan
環境によると思いますが、ソフトウェア・アップデート経由で差分アップデートを行うと途中でアップデートが止まってしまう問題を含んでいるらしい。
対策としては、統合アップデータを利用してアップデートを行うことで解決するようです。
私の場合、外付けハードディスクにインストールしている予備システムへ対してアップデートを行い、アップデートが完全にできているか、動作に異常が無いかを確認してからメインシステムに予備システムからアップデートを行っています。この方法は面倒くさいけど確実な方法だと思います。