Leopardでは、セキュリティを強化するためにファイルやフォルダのメタデータを拡張して管理するようになりました。しかし、ディスクユーティリティでアクセス権修復をするとACL は見つかりましたが、“Applications”上にあるはずではありません。
などと警告されてびっくりしたのではないでしょうか。アップルからは「心配はいらない」とアナウンスされていましたが、それを知らない人の方が遥かに多いので一時は混乱してました。
Mac OS X 10.5.2アップデータの単体インストーラ（Combo?Update）を適用することにより、それは解決したようです。今回のシステム再構築で確認できたのでご報告まで。
単体インストーラーをダウンロードして、コンボ・アップデートしましたが、僕の環境（C2DのiMac）では相変わらず警告が消えません。「心配ない」ということなら、別にかまわないんですけど。Pafuxu さんの場合は、システム再構築が効いたのかもしれませんね。
それと、VolumeLogicも快調に動いてますよ。ご案内ありがとうございました。
tanouxさん、コメントありがとうございます。
そうですか、ダメでしたか。コマンドラインからゴニョゴニョすれば消えるのですが、あまりお勧めできません。本来はACLビットが立っているものにディスクユーティリティがケチを付けているので、アップルのアナウンス通りそのまま運用された方がいいでしょうね。
もしくは、システム再構築してみますか？
気持ちいいですよ〜;)