Apertureでは、1ライブラリに100,000枚を目安にライブラリを作成すると快適な動作をする様になっています。私は年度別にライブラリを作成して管理してます。友人の結婚式など、絶対に関係のない写真が紛れ込んでは困る場合は新たにライブラリを作成して管理してます。
これまでライブラリを切り替える場合は、アプリケーションの再起動を余儀なくされていたのですがAperture3ではメニューから簡単に切り替えることができます。私の場合ですと、年度替わりなど前年のライブラリと今年を行ったり来たりする場合にとても重宝してます。